Seksi Koperasi dipimpin oleh Kepala Seksi berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Bidang Koperasi dan UMKM. Seksi Koperasi mempunyai tugas melaksanakan kerjasama dan fasilitasi kelembagaan serta pemberdayaan dan penegembangan usaha koperasi. Seksi koperasi dalam menyelenggarakan fungsi:

1. Pelaksanaan kebijakan pembentukan, penggabungan, peleburan, dan pembubaran koperasi;

2. Perencanaan, pembinaan perlindungan dan pengembangan usaha koperasi;

3. Bimbingan dan penyuluhan koperasi dalam pembuatan laporan tahunan koperasi;

4. Pengembangan iklim serta kondisi yang mendorong pertumbuhan dan pemasyarakatan koperasi;

5. Penyusunan bahan kebijakan pengawasan dan fasilitasi pembiayaan koperasi ;

6. Pembinaan dan pengawasan koperasi;

7. Fasilitasi akses penjaminan dalam penyediaan pembiayaan bagi koperasi meliputi kredit perbankan, penjaminan lembaga bukan bank, modal ventura, pinjaman dan penyisihan sebagian laba BUMN, hibah dan jenis pembiayaan lain;

8. Pelaksanaan pemberian sanksi adminstartif kepada koperasi yang tidak melaksanakan kewajiban;

9. Pelaksanaan koordinasi dengan unit kerja terkait;

10. Penyusunan laporan kegiatan di bidang tugasnya; dan

11. Pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh pimpinan terkait dengan tugas dan fungsinya.